Le Vermont et le Québec se partagent la baie Missisquoi et ses 3 100 km2 (1 200 mi2) de bassin versant. La qualité de l’eau de la baie s’est détériorée au cours des dernières décennies et elle subit de sérieuses efflorescences de cyanobactéries presque chaque été. Conscients de la nécessité de réduire la pollution qui pénètre dans la baie, les deux gouvernements se sont officiellement engagés en 2002 à partager la responsabilité de son nettoyage. En 2021, ils ont renouvelé leur entente, qui comprenait notamment un objectif de réduction de la concentration en phosphore dans la baie.
La signature de cet accord répond à une mesure hautement prioritaire prévue dans le plan de gestion du lac Champlain, Perspectives d’action, mis en œuvre par le Lake Champlain Basin Program et ses partenaires. Les concentrations cibles pour le phosphore prévues dans l’Entente concernant la baie Missisquoi correspondent également aux concentrations cibles utilisées pour définir les charges quotidiennes maximales totales (TMDL) de phosphore pour les segments vermontois du Lac Champlain (2016). Le VT ANR et la VAAFM ont identifié un ensemble de mesures à mettre en œuvre dans la partie du bassin versant de la baie Missisquoi située dans le Vermont aux fins de réaliser les objectifs de réduction des charges de phosphore auxquels le Vermont s’est engagé. Ces mesures comprennent la modernisation des stations d’épuration, des pratiques exemplaires de gestion des exploitations agricoles pour réduire le ruissellement de nutriments, la stabilisation des berges et des lits des cours d’eau, ainsi qu’une meilleure gestion des eaux pluviales et une meilleure maîtrise de l’érosion sur les terres aménagées et les chaussées.
Au printemps 2020, la Commission mixte internationale a mené une étude sur la qualité de l’eau dans la baie Missisquoi. La CMI a publié les résultats de cette étude dans un rapport intitulé L’apport des nutriments dans le lac Champlain – baie Missisquoi et le lac Memphrémagog. Ce rapport comprend un examen des conditions hydrologiques, des sources de nutriments et de leur impact dans le bassin de la rivière Missisquoi et présente des recommandations à l’intention des gouvernements du Canada et des États-Unis en vue de réduire les efflorescences algales nuisibles.